长期大量应用肝素治疗疾病可引起骨质疏松症，尤其是肝素应用剂量每日超过1500单位以上，应用时间超过6个月者或妊娠、哺乳期应用肝素者均可出现骨质疏松，甚至发生骨质疏松性骨折，而应用1000单位以下者多无症状。研究认为，在引起肝素性骨质疏松的相关危险因素中，肝素的剂量比应用肝素治疗的时间长短更为重要。肝素性骨质疏松的发病机制是：由于肝素作为对某种酶反应较强的抑制剂，通过对酶系统的作用，降低了骨胶原合成、维生素D的活性以及使甲状旁腺分泌PTH增多，最终可使骨吸收加强、骨形成减少。